Todo comienza cuando Ichigo Momomiya una chica de 12 años estudiante de secundaria, se arma de valor para declarársele a Aoyama el chico más popular de su escuela, y se cita con el en las exposiciones de animales en peligro de extinción. Al entrar al lugar, no se da cuenta que su DNA fue examinado sobre la entrada y dos figuras misteriosas anuncian que han encontrado el blanco perfecto. Posteriormente fuera de la exihición, Ichigo es alcanzada por un rayo de la parte superior de una tienda que observaba y cae desmayada. En su sueño se encuentra caminando y se topa con un gato de Iriomote el cual levanta ella, al levantarlo, éste salta dentro de su cuerpo e instantaneamente Ichigo despierta y observa que Aoyama, la había estado esperando durante tres horas antes hasta que despertara y ambos vuelven a casa. Al día siguiente, Ichigo se encuentra desconcertada por lo sucedido y lamenta su fracaso en la primera cita, entonces decide ir a disculparse con Aoyama por lo sucedido. Al día siguiente asiste a la clase de Kendo donde el se encuentra pero se topa con una multitud de chicas mientras tanto observaba una foto de él.
Repentinamente es golpeada por una chica accidentalmente haciendo que suelte la fotografía y vuele, Ichigo la persigue y logra sujetarla quedando parada en el estribo del edificio, entonces pierde el equilibrio cayendo al vacío, pero sorpresivamente, da un giro y cae sobre sus pies sin sufrir algún daño e Ichigo queda admirada de no sufrir ningún accidente. En ese instante todas quedan sorprendidas de haber caído desde arriba y ella avergonzada corre del lugar. Más tarde en el salón de clases, dos de sus amigas se acercan para despertarla diciendole que era hora de comer y las acompaña. Ya en el comedor comienzan a servirles la comida, y cuando Ichigo ve el pescado que tienen en un plato, lo mira y se acerca tomándolo con la boca ante el asombro de todos. Cuando se da cuenta de lo que hizo comienza a reírse y sale del salón dejando el plato de comida. En el pasillo de la escuela, Ichigo se encuentra preguntándose lo que le había pasado en el día pero es interrumpida por Aoyama quien llega a platicar con ella. Mientras Ichigo platicaba con él, cada vez que terminaba una frase mencionaba la palabra "NYA". Observando que no podía contener de pronunciar "Nya", se va corriendo dejando a Aoyama solo.
Más tarde Ichigo se encuentra caminando en un parque mientras observaba la foto de Aoyama, aunque se da cuenta que él la vino siguiendo al parque. Cercas de ahí, una extraña energía envuelve a una rata transformándola en un monstruo gigante atacando primero a Aoyama. Después se dirige contra Ichigo y le suelta un zarpaso pero es rescatada por un sujeto llevándola a una rama del árbol lejos del monntruo. Ichigo le pregunta quién era él, pero responde que no era el momento de presentarse ya que tenía que salvar a Aoyama, y la empuja de la rama cayendo ichigo nuevamente en sus pies. El extraño sujeto le lanza un amuleto extraño que brilla y al capturarlo, Ichigo menciona la frase "mew mew strawberry, methamorphosis" y se transforma en Mew Ichigo. Después invoca su arma de ataque diciendo "the strawberry bell" mientras esquiva los ataques de la rata gigante. En una oportunidad utiliza su ataque "Ribbon Strawberry Check" haciendo que la energía que envolvía de la rata salga de ella, mientras el sujeto extraño atrapa aquella energía. Pasado el peligro, Ichigo corre con Aoyama para ver si se encontraba bien mientras el sujeto que la salvo le dice que una elegida no debe de llorar y en ese instante, aparece otro sujeto pidiéndole que no fuera duda con ella. Se acerca presentándose como Akasaka Keiichiro y le dice a ichigo que toda estará bien, ya que Ryou el que le ayudo a eliminar al monstruo, le haría el favor de llevar a Aoyama a su casa, aunque Ichigo se queda atónita sin saber lo que pasa y quiénes eran aquellos sujetos que la ayudaron.
Posteriormente, Ichigo es llevada a una casa donde Akasaka y Ryou le dan la bienvenida al café mew mew. Al abrir las puertas, Ichigo mira el lugar quedando asombrada por su decoración, después Akasaka se acerca y le entrega algo pidiéndole que se cambie de ropa a lo cual ella accede. Al quedar solos, Akasaka y Ryou comentan que es el comienzo del Project Mew, ya que su creador el Profesor Shirogane, estaría feliz con ello ya que él había fallecido. En ese instante aparece Ichigo vestida de mesera y ella está feliz con el vestido, Akasaka le comenta que ellos trabajarán juntos por un largo tiempo, pero ella pregunta, ¿cuál era el significado de dejarla pelear contra aquellos monstruos?, Ryou le responde que con lo que peleo era un animal quimera, quienes se posesionan de animales y se vuelven salvajes. Ichigo les pregunta quiénes eran ellos, mencionando que son estudiantes de universidad y vivían en el café, pero trataban de guardar el secreto de esos aliens, y su medio es crear animales con la red de datos rojos, para que los destruyerán. El DNA de esos animales, tiene fuerte energía para proteger su especie y cuando encuentra a un animal quimera y se enfrentan, su DNA los hace resistir a los ataques de los parásitos del alien e Ichigo comprende que es uno de ellos, y Ryou le explica que estaba calificada para transformarse en Mew Ichigo, luchar contra los monstruos para regresarlos a ratones, pero Ichigo comprende que se volvería en un gato y le reclama a Ryou que eso sería un grave problema para ella. Akasaka se acerca y la anima diciendo que si logra su objetivo sería la superior y se haría famosa. Posteriormente Ryou le explica que no esta sola, ya que tiene que buscar a sus otra cuatro compañeras, y cada una pose una marca como la que tiene ella en su pierna, para encontrarlas y cuando termine su misión la marca desaparecerá. Para ayudarla, Akasaka le entrega el R-2000 quien posee un sensor de aliens dentro de él, y le indicará quien es una persona Mew como ella. Por último, Ryou le menciona que tendrá que trabajar con ellos en el café a lo cual dice que eso tendrían que discutirlo comenzando así su lucha como Mew Ichigo.